L'AG du Pôle Hainuyer est composée de dix-neuf membres. Elle se prononce sur les grandes décisions de l'association (modification des statuts, nomination et révocation des administrateurs, approbation des budgets et des comptes, etc.).

Le CA du Pôle est composé de douze administrateurs désignés par l'AG. Il gère l'association et la représente vis-à-vis des tiers. Il est assisté par un Bureau, composé du Président, des deux Vice-présidents ainsi que du Secrétaire et du Trésorier du Pôle Hainuyer.

Par ailleurs, pour tous les actes de la gestion journalière de l'ASBL, les pouvoirs du Président sont délégués à un Coordinateur.

Les Commissions du Pôle

Pour remplir les objectifs que s'est fixé le Pôle Hainuyer, le CA a mis sur pied, aux côtés d'une Commission Communication, six commissions portant sur les thématiques suivantes :

- L'enseignement et les passerelles,
- Les bibliothèques et autres infrastructures,
- L'aide à la réussite,
- La mobilité étudiante,
- La recherche,
- La démarche Qualité.